丙肝的潜伏期可以长达数十年。肝脏没有神经末梢，所以在肝脏还未受损之前，它通常不会发出什么“抱怨”。有些丙肝患者确实会感到肝脏不适，这可能是来自肝周围包膜的感觉刺激，但这种疼痛感并不意味着存在肝脏损害。
医生们不会定期进行丙肝筛查。如果丙肝不断进展，就可导致肝硬化，或称肝脏严重疤痕形成。而这些都会导致肝癌甚至死亡。丙肝是美国需要进行肝脏移植的主要原因。
治疗丙肝是防止需要进行肝脏移植的好方法，并且在许多丙肝病例，及时恰当的治疗可以逆转丙肝相关性肝损伤。目前丙肝的治愈率在80%以上。治疗用药和所规定的治疗时间则因个体的健康状况和丙肝病毒特征（也称基因型）而异。丙肝治疗时间从24周到48周不等，这要取决于丙肝患者对药物的反应如何。新研发出来的新药所需要的的治疗时间可能会更短些，大概只需要8到12周。
治疗丙肝多使用三种药物：聚二乙醇干扰素（peginterferon）、利巴韦林（ribavirin）和直接作用的抗病毒药物（DAA）。聚乙二醇干扰素（peginterferon）注射液，每周一次，自行注射。利巴韦林（ribavirin）片剂，每天服用两次。常见基因型丙肝患者也可以采用了直接作用的抗病毒药物（DAA）进行治疗——博赛泼维（Victrelis），或是特拉普韦（Incivek）。直接作用的抗病毒药物（DAA）是片剂，每隔八小时服用一次。不断研发出的新型直接作用的抗病毒药物（DAA）使得丙肝治疗效果不断得到提高。
